まず余談
俺は親父の影響でパソコン初めて持ったときからのATOK派。
親父は一太郎を愛用してるので一太郎2009とか購入してたけど、俺はATOKだけなので、今はWindows版は月額のATOKを使ってる。
さらにUSBメモリにUbuntu入れて持ち運んでるのでATOK X3を購入したのだけど、普通にダウンロード購入した場合7,350円なのに対して、AAA優待版なるものが4,725円で買える。
AAAとはATOK,Anytime Anywhere.の略らしく、これを購入できる条件は「別のATOK単体の製品を所有しているかどうか」だけのようで、ジャストシステムに電話で問い合わせたところ、月額版でも問題ないらしい。
ジャストシステムは電話にしてもメールにしてもすこぶる対応が素敵。早い・丁寧・簡潔。

余談：月々300円の月額版を持ってるだけで2,625円も引いてくれるんなら、1ヶ月だけ月額版を契約してATOK X3をAAAで買ってから月額版を解約したらどーなるんだ！とか思ったけど、どうせどっちも使い続けるので気にしない。
余談2：ジャストシステムって英語表記はJustSystemsって複数形なのね。ATOKの変換候補に出てきて気づいた。

xubuntuへのインストール
ジャストシステムのサイトにインストール方法が公開されてる。
Ubuntu 8.04 LTSでのインストール方法
Ubuntu8.04 on USBフラッシュメモリにも、dynabook SS 1610のxubuntu 8.10に
もこの通りの手順でインストール出来た。

いくつか変更
・ATOKを使ってるアプリのウィンドウの左下に[ATOK]って表示が出るのが非常にうざったいので消す。
参考：Yatao.net::ubuntuで使っているatok
http://www3.justsystem.co.jp/download/atok/ut/lin/iiimf_status_hide.gz
こいつを落としてきて、中身のiiimf_status_hideを/opt/atokx3/sample/に置いて実行権限を付加。
実行するとうざい表示が消えるのはいいけど、ATOKを起動するたびに実行する必要があるらしいので、
/etc/X11/xinit/xinput.d/iiimfの最後に
/opt/atokx3/sample/iiimf_status_hide
を付け足す。

$ wget http://www3.justsystem.co.jp/download/atok/ut/lin/iiimf_status_hide.gz
$ gunzip iiimf_status_hide.gz
$ sudo mv iiimf_status_hide /opt/atokx3/sample/
$ sudo chown root:root /opt/atokx3/sample/iiimf_status_hide
$ sudo chmod 755 /opt/atokx3/sample/iiimf_status_hide
$ sudo echo /opt/atokx3/sample/iiimf_status_hide >> /etc/X11/xinit/xinput.d/iiimf

・日本語入力を切り替えるキーを「全角/半角」に変更。
デフォルトだと「Shift＋Space」とかそんな感じのキーになってたけど、使い慣れた「全/半」キーを割り当てる。
ATOK X3に同梱されてるiiim-propertiesの「トリガーキー」で設定出来そうなもんだけど、なぜか俺の環境でやると、適用とかOKボタンを押した途端に
Segmentation fault
とか言われてiiim-propertiesが落ちる。

訳が分からんけど、とりあえずATOKが動いてない状態ならいけるみたいなので、

$ kill `pidof iiimx`
$ iiim-properties
とやってiiim-propatiesのウィンドウを出して、トリガーキーをZenkaku_HankakuだけにしてOKする。
そして
$ iiimx -iiimd
とやってATOKを起動してやるといけた。
変だけど、まぁ設定してしまえばもう使うことはないので、これでいいや。